¿me puede perjudicar emitir dos facturas distintas por mi trabajo?

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Desde el punto de vista fiscal y contable no parece haber más perjuicio que el que le han señalado, sin embargo, sí entiendo que se le genera un perjuicio en tanto que en la actualidad es usted un autónomo económicamente dependiente, ya que al menos el 75% de su facturación depende de una única empresa. Si divide usted su facturación entre dos empresas, como máximo dependerá en un 50% de cada una de ellas, perdiendo así la condición de autónomo dependiente, y los derechos que a este tipo de trabajadores otorga la legislación. Le recomiendo una atenta lectura de los artículos 11 y ss. de Ley 20/2007, de 11 de julio, del Estatuto del trabajo autónomo. Para más asesoramiento estoy a su disposición.

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Emitir dos facturas no tiene por qué perjudicarle, simplemente le exige más trabajo administrativo ya que tiene que hacer dos facturas, declarar a dos personas en el IRPF (190) y en su caso declarar a esas dos personas en sus obligaciones fiscales con terceros (modelo 347). La cuantía sigue siendo la misma porque la base imponible se fracciona y el IVA se aplica a cada una de las bases imponibles.
El concepto dependerá de los servicios que usted preste a cada empresa. Es conveniente individualizar con detalle el concepto de cada factura.